答：1、關于合作建房土地價值的確認。

　　《國家稅務總局關于印發〈營業稅問題解答（之一）〉的通知》（國稅函發〔1995〕156號）規定，合作建房，是指由一方（以下簡稱甲方）提供土地使用權，另一方（以下簡稱乙方）提供資金，合作建房。合作建房的方式一般有兩種：第一種方式是純粹的“以物易物”，即雙方以各自擁有的土地使用權和房屋所有權相互交換。具體的交換方式也有以下兩種：

　　（一）土地使用權和房屋所有權相互交換，雙方都取得了擁有部分房屋的所有權。在這一合作過程中，甲方以轉讓部分土地使用權為代價，換取部分房屋的所有權，發生了轉讓土地使用權的行為；乙方則以轉讓部分房屋的所有權為代價，換取部分土地的使用權，發生了銷售不動產的行為。因而合作建房的雙方都發生了營業稅的應稅行為。對甲方應按“轉讓無形資產”稅目中的“轉讓土地使用權”子目征稅；對乙方應按“銷售不動”稅目征稅。由于雙方沒有進行貨幣結算，因此應當按照實施細則第十五條的規定分別核定雙方各自的營業額。如果合作建房的雙方（或任何一方）將分得的房屋銷售出去，則又發生了銷售不動產行為，應對其銷售收入再按“銷售不動產”稅目征收營業稅。

　　根據上述規定，貴公司出資金并立項，合作方出土地，建成后給合作方部分房屋作為補償，即雙方以各自擁有的土地使用權和房屋所有權相互交換。在這一合作過程中，合作方以轉讓部分土地使用權為代價，換取部分房屋的所有權，發生了轉讓土地使用權的行為；貴公司則以轉讓部分房屋的所有權為代價，換取部分土地的使用權，發生了銷售不動產的行為。因而，合作建房的雙方都發生了營業稅的應稅行為。由此而言，貴公司應按取得的發票金額作為開發成本。

　　2、關于合作建房征納契稅問題。

　　《財政部、國家稅務總局關于合作開發的房地產權屬轉移征免契稅的批復》（財稅〔2004〕91號）明確，珠海市房產公司擁有土地，珠海南嘉房產開發有限公司提供資金，共建住房。珠海南嘉房產公司獲得了珠海市房產公司的部分土地使用權，屬于土地使用權權屬轉移。根據《契稅暫行條例》的規定，珠海南嘉房產開發有限公司承受土地使用權，應繳納契稅。因此，對珠海南嘉房產開發公司應按其取得的85％土地使用權的成交價格計征契稅。

　　根據上述規定，合作開發的房地產，合作方以轉讓部分土地使用權為代價，換取部分房屋的所有權。貴公司承受土地使用權，應按土地使用權的成交價格繳納契稅。